Neben ihrer politischen Arbeit engagiert sich Emilia Müller vor allem in sozialen Projekten. In den Jahren 2005 bis 2013, mit einer kurzen Unterbrechung war sie im Staatsministerium für Bundes- und Europaangelegenheiten in der Bayerischen Staatskanzlei. In der Pause vom Oktober 2007 bis Oktober 2008 war Emilia Müller im Staatsministerium für Wirtschaft, Infrastruktur, Verkehr und Technologie tätig. Ihre Expertise brachte sie anschließend im Sozialministerium im Kabinett Seehofer II ein.
Ihre Auszeichnungen und soziales Engagement
Mit viel Leidenschaft und Engagement schaffte sie es, Familien- und Berufsleben unter einen Hund zu bekommen. Viele Auszeichnungen säumten ihren beruflichen Werdegang. Unter anderem wurde ihr im Jahr 2007 der Bayerische Verdienstorden sowie im Jahre 2011 die Bayerische Staatsmedaille für Verdienste um die Umwelt verliehen. Es folgte im Jahre 2013 die Berufung zur Ehrensenatorin der Ostbayerischen Technischen Hochschule Amberg-Weisen sowie die Bayerische Verfassungsmedaille in Silber, um nur einige Auszeichnungen zu nennen.
Persönlich ist ihr die Bildung der Kinder und Jugend wichtig und engagiert sich aktiv in diesem Bereich. Emilia Müller ist Mitglied des Kuratoriums der Stiftung Lesen. Zudem ist sie aktiv als Botschafterin des Schulprojekt “WerteRaum” tätig.

Bürgerliches Engagement
Die Sozialministerin Emilia Müller begrüßt und schätzt das persönliche Engagement der Bürger. Das Ehrenamt und somit das aktive Einbringen der Bürger in die Gesellschaft stellen unmittelbar die Substanz der Gemeinschaft dar. Ohne das aktive Mitwirken der Bürger am Gesellschaftsleben wären viele zwischenmenschliche Projekte nicht möglich. Sie ist stolz darauf, dass 3,8 Millionen Bürgerinnen und Bürger sich in Bayern ehrenamtlich engagieren. Der Freistaat Bayern fördert das Ehrenamt. Sie unterstreicht, dass ihr bewusst ist, dass der Runde Tisch Bürgerschaftliches Engagement ein starkes Gremium geschaffen hat, welches die Basis für eine weitere Entwicklung des Bürgerschaftlichen Engagements in Bayern bildet.
In der Vergangenheit machte sie sich stark für das Motto “Starke Regionen für ein soziales Bayern”. Sie besuchte alles Regierungsbezirke. Emilia Müller ist mit Leib und Seele Sozialministerin, welches sich in ihrem direkten sozialen Engagement widerspiegelt. Ihr ist bewusst, dass Sozialpolitik nicht alleine vom Schreibtisch aus erfolgreich stattfinden. So sucht sie stets die unmittelbare Bürgernähe. So werden verlässliche Strukturen in Bayern geschaffen. Um den Menschen, welche ein Ehrenamt begleiten, ihren Dank auszusprechen, wurde der Ehrenamtsnachweis ins Leben gerufen. Mit dem Ehrenamtsnachweis wurde eine sichtbare Wertschätzung geschaffen.